生物有機肥很受農民的歡迎，效應比較明顯，雖然生物有機肥有很多顯著的優勢，但是要采取正確的使用方法。
生物有機肥總體屬于有機肥一類，使用方法與數量基本與有機肥相同。但在使用上與有機肥相比還需注意以下幾點：
1、肥料包裝袋打開以后不宜放置太久，應盡早施用，過久會影響肥效。
2、不能與殺蟲劑、除草劑等農藥混合，如定要用，生物肥應提前或延后72小時使用。
3、不適宜與碳銨、草木灰、含“硫”元素肥料（如硫酸鉀、硫酸銨等）混合施用，以免影響菌肥肥效。
4、生物肥在作基肥時，應及時覆土并和土拌勻，以發揮肥效。
使用時要要降低生產成本。一是就地采用有機原料，不要遠距離調運，增加成本；二是減少銷售中間環節，生產與銷售近距離對接；三是搞好售后服務，組織科技下鄉，使肥料快速發揮肥效。還要足墑適溫施用。無論在何種土壤上施用，都要有充足的墑情促其迅速分解轉化。氣溫在10℃—30℃的范圍內肥效較好，當氣溫低于10℃或高于35℃時，肥料轉化、吸收就會產生障礙。
此外，消費者朋友們還要學會配套正確施用生物有機肥，一是為了使肥料體現長效的持續效應，凡是施用生物有機復合肥的大田，每畝要配施碳銨30公斤左右，然后再根據不同作物需要配施其它營養元素，不能用生物有機復合肥取代其它肥料。
